江西省藥品監督管理局共經歷了五次機構改革。（1）第一次：2000年9月，省藥品監督管理局組建成立，為省政府直屬機構，正廳級建制，負責藥品、醫療器械全過程的質量監管，并于2001年10月實行省以下藥品監督管理系統垂直管理體制。（2）第二次：2004年3月，在原藥品監督管理局的基礎上，組建省食品藥品監督管理局，新增食品安全綜合協調職責，仍為正廳級建制、省政府直屬機構、省以下食品藥品監督管理系統垂直管理體制。（3）第三次：2009年2月，省食品藥品監督管理局調整為副廳級建制，作為省政府的工作機構，歸口省衛生廳管理，并取消省以下食品藥品監督管理系統垂直管理體制；省食品藥品監督管理局的食品安全綜合協調職責劃轉至省衛生廳，省衛生廳的餐飲食品安全、保健食品、化妝品監管職責劃轉至省食品藥品監督管理局。（4）第四次：2013年8月,重新組建省食品藥品監督管理局，恢復正廳級建制，加掛省食品安全委員會辦公室的牌子，為省政府直屬機構；省衛生廳的食品安全綜合協調、省質量技術監督局的食品生產監管、省工商行政管理局的食品流通監管職責，劃轉至新組建的省食品藥品監督管理局。（5）第五次：2018年11月，撤銷原省食品藥品監督管理局，新組建省藥品監督管理局為省市場監管局的部門管理機構（副廳級）。原食品藥品監督管理局的食品監管相關職責劃轉至省市場監管局。

截至目前，省藥品監督管理局的具體情況是：（1）主要職責：負責藥品（含中藥、民族藥）、醫療器械和化妝品全過程質量監管職責。（2）內設機構：內設綜合與規劃財務處、法規處、藥品注冊管理處、中藥監督管理處、藥品生產監督管理處、藥品經營監督管理處、醫療器械注冊管理處、醫療器械監督管理處、化妝品監督管理處、科技處、人事處（直屬機關黨委）、藥品檢查監督辦公室。（3）直屬單位：下轄省藥品監督管理局行政受理與投訴舉報中心、省藥品檢驗檢測研究院、省醫療器械檢測中心（省藥物研究所）、省藥品認證審評中心、省藥品不良反應監測中心、省藥品檢查員中心（省疫苗檢查中心）等6個正處級直屬事業單位和樟樹藥品監督管理局（正處級建制）1個直屬局。

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